شنت قصور الثقافة المصرية في موسوعة تاريخية أصدرتها من عشرة أجزاء، في احتفائها بالذكري الأولى لثورة 25 يناير، بعنوان "تاريخ مصر من خلال مخطوطة تاريخ البطاركة لساوريس بن المقفع"، حربا على الفتح العربي والإسلامي لمصر واعتبرته فتحا وغزوا، ما أصاب الكثيرين بالصدمة، خاصة التيارات الدينية التي أعلنت تقدمها بطلب إحاطة لوزير الثقافة المصري بسبب ما ورد في تلك الموسوعة.
وكتب المحقق عبدالعزيز جمال الدين، مقدمة الموسوعة التاريخية، مهاجما العروبة والإسلام ومشككا في وطنية الأقباط، الذين يتأهبون لأخذ موقف مشابه لموقف التيارات الإسلامية ضد ما ورد بالموسوعة.
ووصفت الموسوعة الفتح العربي الإسلامي لمصر بالغزو والاحتلال الذي بطش بالمصريين وأرهقهم بالجزية والخراج، وذكرت أن المصريين اعتنقوا الإسلام هرباً من دفع الجزية.
لم يقف المحقق عند ذلك الحد بل هاجم نظم الإسلام السياسية والاجتماعية والمالية، معتبراً أن المال كان الهدف الأساسي الذي عنيت به الدول الإسلامية ما جعلها تلهب ظهور الشعوب التي دخلت إلى بلادها.
وفي إطار حديثه عن الأقباط، شكك المحقق في وطنيتهم بقوله: "إن الشعور الوطني كان ضعيفاً بين المصريين آنذاك فلم يكن في ثورات الأقباط ضد سلطة العرب عنصر وطني، بل كانت كلها بسبب الضرائب والجزية".